國務院總理李克強4月13日主持召開國務院常務會議，聽取山東濟南非法經營疫苗系列案件調查處理情況匯報，決定先行對一批責任人實施問責;通過《國務院關于修改〈疫苗流通和預防接種管理條例〉的決定》，強化制度監管;決定階段性降低企業社保繳費費率和住房公積金繳存比例，為市場主體減負、增加職工現金收入。
會議指出，疫苗質量安全事關人民群眾尤其是少年兒童生命健康，是不可觸碰的“紅線”。我國的疫苗體系總體是安全可靠的，凡發現漏洞，必須堅決堵住。山東濟南非法經營疫苗系列案件發生后，國務院批準組成部門聯合調查組，并成立國務院工作督查組，深入開展實地調查，推進全國協查聯辦，加大案件查辦督促指導力度，組織對查扣疫苗開展安全性有效性評估。目前第一階段調查處理工作基本完成。初步查明，此次疫苗系列案件涉及面廣，性質惡劣，是嚴重違法犯罪行為，也暴露出疫苗質量監管和使用管理不到位、對非法經營行為發現和查處不及時、一些干部不作為、監管和風險應對機制不完善等突出問題，教訓深刻。會議要求抓緊完成對涉案疫苗接種人群的風險評估，及時向社會公開評估結果，妥善做好后續處置，并加快完善食品藥品監管體制和疫苗管理長效機制，強化事中事后監管，對危害群眾生命健康的違法違規行為絕不姑息。目前各地已立案刑事案件192起，刑事拘留202人。根據已查明情況，會議決定，依法依紀對食品藥品監管總局、衛生計生委和山東等17個省(區、市)相關責任人予以問責，有關方面先行對357名公職人員等予以撤職、降級等處分。下一步還要堅決依法嚴懲違法犯罪和失職瀆職行為，并根據案件查處情況，提出進一步問責處理意見。
會議強調要立足標本兼治、強化制度監管，通過了《國務院關于修改〈疫苗流通和預防接種管理條例〉的決定》，明確一要嚴格疫苗流通管理，將自愿接種的第二類疫苗比照國家免疫規劃用的第一類疫苗，全部納入省級公共資源交易平臺集中采購，不再允許藥品批發企業經營疫苗，堅決制止通過借用資質和票據進行非法經營的“掛靠走票”等行為。二要建立疫苗從生產到使用的全程追溯制度，強化儲存、運輸冷鏈要求，增設疾控機構、接種單位在接收環節索要溫度監測記錄的義務。三要加大處罰及問責力度，對非法購銷、未按規定儲運疫苗等違法行為提高罰款金額，增設對責任人員的禁業處罰，并嚴格屬地監管職責，增加地方政府及監管部門主要負責人引咎辭職的規定。《決定》還完善了預防接種異常反應補償制度等內容。
為減輕企業負擔，增強企業活力，促進增加就業和職工現金收入，會議決定，在去年已適當降低失業、工傷和生育三項社保費率基礎上，從2016年5月1日起兩年內，一是對企業職工基本養老保險單位繳費比例超過20%的省份，將繳費比例降至20%;單位繳費比例為20%且2015年底基金累計結余可支付月數超過9個月的省份，可以階段性降低至19%。二是將失業保險總費率由現行的2%階段性降至1%—1.5%，其中個人費率不超過0.5%。上述兩項措施的具體方案由各省(區、市)確定。三是規范住房公積金繳存比例，對高于12%的一律予以規范調整，同時由各省(區、市)結合實際，階段性適當降低住房公積金繳存比例;生產經營困難企業除可降低繳存比例外，還可依法申請緩繳公積金，待效益好轉后再提高繳存比例或恢復繳存并補繳緩繳的公積金。初步測算，采取以上措施每年可減輕企業負擔1000多億元。
會議還研究了其他事項。
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