山東濟南非法經營疫苗系列案件發生后，黨中央、國務院高度重視，有關部門和地方密切配合，立即開展了案件查辦和處置工作。為進一步督促查清案件，嚴懲不法分子，依法依規追究相關人員責任，并進一步建立健全監管機制、完善法規制度體系，3月28日，國務院批準組織山東濟南非法經營疫苗系列案件部門聯合調查組。當晚調查組即趕赴山東，全面開展案件調查、處理工作。國務院工作督查組派專人參加，全程督查指導調查工作。
3月29日，部門聯合調查組組長、食品藥品監管總局局長畢井泉主持召開了調查組第一次全體會議，傳達學習了李克強總理等中央領導同志重要批示精神，重點圍繞七個方面開展工作。一是徹查“問題疫苗”的流向和使用情況，全面查清案情;二是依法嚴厲打擊違法犯罪行為，對涉案人員必須要依法依規嚴懲重處;三是對失職瀆職行為嚴肅問責，包括黨紀政紀處分，構成犯罪的要移送司法機關;四是做好涉案疫苗接種者風險評估，組織專家研究提出針對性分類處理措施，發現問題及時處置、科學應對;五是總結案件的經驗教訓，提出堵塞漏洞、完善法規制度、加強疫苗監管工作意見;六是回應社會關切，及時公布案件查處情況，以及專家對涉案疫苗安全性、有效性的科學評估;七是案件調查工作完成后，全面總結案件查處、責任追究、強化監管、完善制度等情況，形成調查報告報國務院。根據工作需要，調查組下設案件工作組、疫苗經營工作組、疫苗使用工作組、責任追究工作組、綜合組和專家組6個工作組。
會議要求，調查組要堅持科學嚴謹、實事求是、依法依規、注重實效的原則，全面、科學、客觀、公正地開展案件調查工作。對于在調查中故意隱瞞事實、弄虛作假、提供虛假情況的，要從嚴懲處。會議指出，這起非法經營疫苗案件，暴露出疫苗流通和使用中長期存在的管理漏洞和制度缺陷。要按照李克強總理等中央領導同志重要批示指示精神，從這次案件中深刻汲取教訓，舉一反三，推動建立健全監管法規制度體系，完善長效機制。
聯合調查組還專門召開了專題會議，聽取了山東省人民政府和濟南市人民政府對案件調查、處理工作的匯報，以及山東省公安、衛生計生、食品藥品監管等部門前期開展工作的情況匯報。
聯合調查組副組長公安部副部長黃明、監察部副部長陳雍、衛生計生委副主任王國強、食品藥品監管總局副局長吳湞，以及山東省人民政府省長郭樹清、副省長王書堅等出席會議，聯合調查組全體成員參加會議。
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